Die Forschungsabteilung „Proteomics und Signaltransduktion“ unter der Leitung von Matthias Mann ist Mitbegründer des Fachgebiets der Proteomics und eine der führenden Forschungsgruppen auf diesem Feld. Proteomics beschäftigt sich mit der Identifizierung und Quantifizierung der Gesamtheit der Proteine (Eiweißstoffe) in verschiedenen Zuständen einer Zelle. Da die Proteine die Funktionsträger der Zelle sind, kann die Proteomics sehr breit in der Biologie und in der Medizin eingesetzt werden. Im Zentrum steht die Massenspektrometrie (MS), die wir im Zusammenhang mit effizienterer Probenvorbereitung, Chromatographie und neuen bioinformatischen Ansätzen zur Datenanalyse ständig weiterentwickeln. Diese Technik liefert neue Einblicke in bekannte Krankheiten und soll zukünftig auch für die Diagnostik verwendet werden.